Falls Ihr die Reise tatsächlich noch im Mai machen möchtet, würde ich bezgl. der Flüge mal langsam den Finger ziehen....
Es hatte grad gute Angebte von KLM / Air France, Umsteigeverbindung (via CDG / AMS) ab 450 Euro nach Tokyo oder Osaka.
Grundsätzlich ist ein Flugpreis für Nonstopflüge (ANA oder LH) um 700 Euro noch gut, egal, ob beide Strecken zum/ vom selben Airpt.
oder Gabelflug. Gabelflug würde ich auf alle Fälle vergleichen, spart eine Rückreise per Zug durchs Land....
Setzt man 700 als Flugpreis an, vielleicht noch Shinkansen und ein paar regionale (sehr billige Zugverbindungen) um 200, kommt man auf etwa 1000 Euro für Transporte.
Vor Ort, abzüglich der An-&Abreisetage, habt Ihr dann etwa 11 (??) Tage, für die Ihr Unterkunft & Verpflegung benötigt - dass sollte nie und nimmer 2000 Euro pro Person kosten. Billig ist Japan nicht, aber ein ordentliches, wenn auch meist sehr kleines Hotelzimmer für 2 Personen kostet nun auch kein Vermögen.
Habt Ihr Euch denn auf den einschlägigen Portalen (booking.c..... usw. ) schon mal mit Unterkünften beschäftigt??
Möglicherweise sind auch hier die guten / günstigen Sachen längst vergeben - besonders zur golden week kann es passieren, dass sehr viel ausgebucht ist und man nur noch den überteuerten Rest in schlechter Lage abbekommt.
In solchen großen Städten sollte man darauf achten, einen guten Anschluss an's öffentl. Verkehrsnetz nahe des Hotels zu haben, denn weder Tokyo noch Kyoto mit seinen weitverstreuten Tempelanlagen (oft recht weit ausserhalb in den grünen Bergen um die Stadt) kann man vollständig erlaufen.
Ich würde auf jeden Fall die Route abstecken und entsprechende Reservierungen vorab tätigen.
Ansonsten - Japan ist ein Bargeldland. Rechnet nicht damit, überall ATM's vorzufinden, und wenn, akzeptieren diese mitunter keine ausländischen Kreditkarten.
Verpflegen kann man sich tagsüber unterwegs auch mal unkompliziert und günstig an den zahllosen Automaten bzw. Minimärkten, die an jeder Ecke zu finden sind und auch fertige Essensboxen (auch zum warmmachen im Laden) anbieten.
Ansonsten bin ich ganz bei @inspired - Japan ist ein freundliches Land, welches man ohne Probleme auch ohne Reiseleitung und Gruppe bereisen kann. Es gibt immer jemanden, der behilflich ist, und solange man die Hauptrouten der Touristen gar nicht verlässt - was Ihr ja wohl auch nicht vorhabt - ist zumindest die Beschilderung immer auch in Englisch.
VG