Ich hab mal geschaut, Angaga, HP, 7 Nächte mit Flug (Ethihad) mit brauchbaren Zeiten ab München, knappe 1800 Euro pro Person, wäre also machbar.
Allerdings gibt es da keine größere Restaurant-Auswahl, Essen könnt ihr zum vorgegebenen Zeitrahmen für die jeweiligen Mahlzeiten.

Kurumba wird nicht so ganz euren optischen Vorstellungen entsprechen, ist vis a vis von Male und von einer Mauer umgeben.
Olhuveli wäre jetzt auch nicht meine erste Wahl rein optisch.

Reethi Beach wäre preislich drin, allerdings nur mit Frühstück. Bedenkt, dass die Nebenkosten auf Reethi Beach im Vergleich zu anderen Inseln in diesem Segment relativ hoch sind, da kommen locker noch mal 50 Euro/Person/Tag für Essen und Getränke dazu.

Auf Summer Island müsstet ihr, wenn ihr einen möglichst privaten Bungalow wollt, einen Superior Vista Bungalow buchen, das ist außerhalb des Preisrahmens. Alle anderen Zimmer liegen in mehrstöckigen bzw. mehrreihigen Gebäuden.

Kuramathi liegt das günstigste Angebot in dem von euch gewünschten Zeitraum bei 7 Übernachtungen/1933 Euro. Allerdings ist hier VP dabei und ihr hättet eine große Inseln mit viel "Auslauf" und verschiedenen Restaurants.

Ich habe gerade nochmal Seite 1 vom Thread gelesen und musste schmunzeln. Es wäre ja nicht so, dass niemand gewarnt hat...

Die Wahrscheinlichkeit, dass ihr auf einer der Touristeninseln Opfer eines wie auch immer motivierten Anschlags werdet, schätze ich als sehr gering ein. Ob man in ein Land fahren möchte, dass politisch ziemlich zerrüttet ist und wo Opportunisten recht unbürokratisch "beseitigt" werden, muss jeder für sich selbst entscheiden. Aber ich gebe zu, ein fahler Nachgeschmack ist vorhanden...

Schaut euch doch mal Angaga oder Safari Island Island an. Allerdings reichts da wohl eher nur für zwei Wochen im Wasserbungalow in der Nebensaison.
Ggf. könnt ihr auch das Hotel und die Flüge getrennt buchen, Anfang Juni gibt's oft Specials diverser Airlines für Hin- und Rückflug < 500 Euro.

 Oh oh. Ich hab ein Dejavue. Danke Pzl64 für die Info.

Filitheyo war schon sehr mückenreich, ich bin aber (im Vergleich zu anderen Inseln) wenig gestochen worden. Sie haben auf den Terrassen der Bungalows und im Restaurant Räucherspiralen. Am Strand waren die Mücken kein Problem.
Die Deluxe-Bungalows auf Filitheyo haben eine gute Lage, da sie auch nah am Pool sind. Wäre für mich, sollte ich nochmal nach Filitheyo gehen, auch die gewählte Bungalowkategorie.
Wir haben seinerzeit einige Katzen vorbei huschen sehen. Die sind aber nahezu wild und alles andere als um die Beine streunende Schmusekatzen. Mir hat sich keine auch nur annähernd genähert.

Hinsichtlich der aktuellen Unruhen würde ich mal die Hinweise des Auswärtigen Amts im Auge behalten. Dort wird derzeit empfohlen, Male lieber zu meiden. Am Flughafen und auf den Inseln hab ich im Dezember nicht mitbekommen, dass es unruhiger war als sonst. Hatte ja kurz vorher die Erklärung des Ausnahmezustands gegeben (die dann wieder zurück genommen wurde, weil die Buchungszahlen zurück gingen). Innenpolitisch ist es gerade unruhig auf den Malediven. Keine Frage.

Soll es denn wieder ein Wasserbungalow sein? Wo liegt das preisliche Limit pro Person?

Alle drei eher große Inseln mit unterschiedlichsten Bungalow-Kategorien (auch bei den Beachbungalows) mit teilweise auch nicht ganz so guter Bungalow-Lage je nach Bungalowkategorie, das würde ich beim Buchen beachten. Euren Anforderungen werden alle drei Inseln gerecht, wobei Kuredu jetzt nicht gerade für ein Top-Hausriff bekannt ist. Für "mal schnorcheln" sicher ok.
Mitte April kann der Monsun auch schonmal wechseln mit häufigerem Regen, meist ist es aber noch recht freundlich.

Ich war zu Sensimar-Zeiten da und es waren trotzdem Kinder da (hat jetzt nicht gestört, aber so ganz stimmig war das Konzept da eh nie, hat ja auch nicht lange gehalten...).

Am Hausriff von Maafushivaru hab ich nie stärkere Strömung erlebt, das Riff ist schön, teilweise (wie überall) Schäden durch die Bebauung. Mir hat das Lonubo-Riff noch deutlich besser gefallen, dort hatte es allerdings auch manchmal Strömung (aber machbar, je nach Gezeiten mal mehr, mal weniger). 
Die Sunset-Bar auf Reethi hab ich auch sehr gemocht 

Den Sunset sieht man von der Bar am Pool aus leider überhaupt nicht, ist wirklich genau nach Osten ausgerichtet. Vom Jetty der Wasserbungalows aus und dem vorgelagerten Steg Richtung Tauchbasis sieht man den Sonnenuntergang.
An einen Pingpong oder Billardtisch kann ich mich nicht erinnern. Hab auch gerade nochmals die Fotos angeguckt und keinen gesehen. 
Mücken waren kein Problem während unseres Aufenthalts.

Also, der Strand vor dem Bungalow war schon recht breit, ist ja auch immer monsunabhängig und veränderlich, seinerzeit war er vor den Bungalows 1-10 ziemlich breit.

In aller Regel beinhaltet Vollpension keine Getränke. Sonst würde es als Vollpension plus bezeichnet werden. Am besten schreib doch mal einen der aktuellen Reisebericht-Schreiber von Summer Island an und frag, wie es derzeit gehandhabt wird. Aus den Katalogbeschreibungen der Reiseveranstalter wird man leider nicht  viel schlaufer: Vollpension (alle Mahlzeiten in Buffetform).

Die Bungalows 1-8 sind recht sonnig gelegen mit Ausrichtung nach Westen ohne viel Buschwerk vor der Tür. Den schönsten und breitesten Strand hat es auf Höhe Bungalow 33 (mit der schrägen Palme). Da zu Juni noch Monsunwechselzeit ist kann der Wind mal von hier und mal von da kommen, deswegen ist es schwer, da eine Empfehlung abzugeben.

Du hast auf jeder Insel mehr oder minder Meerblick von den Strandbungalows, wenn du nicht gerade explizit einen Gartenbungalow buchst.

Ich kann bei den von dir ausgewählten Inseln gerade keinen roten Faden erkennen, welche Präferenzen ansonsten bestehen. Wo liegt das preislich Limit? Manche Inseln bieten gute Konditionen für Kinder unter 12 Jahren.
Bandos ist bei Familien immer recht beliebt, die dortigen Jacuzzi Beach Villen bieten den Vorteil, dass man ein Doppelbett im 1. Stock hat und das Kind im Erdgeschoss schlafen kann. Privatssphäre hat man als Eltern allerdings nicht, da alles offen ist.
Schaut euch doch mal Reethi Beach an, die Deluxe Beach Villen sind recht geräumig und bieten ausreichend Platz für drei.
Ob ihr eine große oder kleine Insel bucht hängt an eurer Präferenz. Die größeren Inseln bieten häufiger auch Bespaßung für die Kids an (teilweise mit eigenem Kids-Club -> Kuramathi). Wenn euch so etwas wichtig ist, bucht eher eine größere Insel.

Von Maafushivaru werden regelmäßig Schnorcheltouren zum Walhai-Spot vor Maamigili angeboten. Ich habe früher mal von einem Tauchsafari-Boot aus an so einem Trip teilgenommen - ich würde es nicht wieder machen. Alles voller Boote und verrückten Schnorchlern, die das arme Tier jagen.
Ich weiß auch, dass von Velidhu und Mirihi aus Walhai-Touren angeboten werden. Auch Athuruga/Thudufushi haben Walhaitouren im Programm, das sind aber ziemlich lange Bootsfahrten bis nach Maamigili.
Einen Walhai am Hausriff zu sehen ist wie ein 6er im Lotto.

@Mäuschen: Streich mit deinen Vorgaben (kleine Insel, Hausriff, 3000 Euro/14 Tage) folgende Inseln:

Moofushi, Rangali Finolhu, Kuredu, Kuramathi, Mirihi Island, Meeru

Schaut euch näher an: Athuruga oder Thudufushi (recht ähnlich) im Wasserbungalow (könnte preislich hinhauen), alternativ auch Veligandu, Vilamendhoo (Jacuzzi Beach Villa oder Wasservilla, allerdings nicht komplett zu Fuß umrundbar), Vakarufahli, Maafushivaru (eingeschränkt zu Fuß umrundbar, dafür aber sehr schöne private Villen, gutes Essen, Cocktails, Hausriff).

"Echte" Preise (also nicht nur die von den x-Veranstaltern) könnt ihr ab Ende 2016 (je nach Veranstalter, manche früher, andere später) erwarten.

Wenns mit den genannten Alternativen zu teuer wird, würde ich Angaga favorisieren (deutlich vor Thulhagiri).

Bei euren Anforderungen ist mir jetzt Safari Island in den Sinn gekommen, allerdings reicht das angegebene Budget dort nur für zwei Wochen/VP.

Das schreibt Neckermann in der Katalogbeschreibung zu den einzelnen Zimmerkategorien: Sie wohnen in renovierten Superior-Zimmern (A1-3B) oder in Wasser-Bungalows (A2-3C). Die Superior-Zimmer verfügen über einen Kühlschrank, Kaffee-/Teezubereiter, Klimaanlage, Safe, Telefon, Dusche, WC, Föhn und Balkon oder Terrasse zur Meerseite. Die Wasser-Bungalows entsprechen der NNNN-Kategorie, sind komfortabel eingerichtet und verfügen zusätzlich über eine Sitzecke, Kaffeemaschine, Kühlschrank, Safe, Kabel-TV, Telefon, Hydromassage-Badewanne, Föhn, Sichtfenster im Boden und Veranda. Sparzimmer (A1-3S) in zweistöckigen Gebäuden, begrenzte Verfügbarkeit (keine Wünsche zu Ausstattung und Lage möglich) mit Terrasse zur Gartenseite gelegen, mit Deckenventilator, ohne Klimaanlage; nur Kaltwasser-Dusche.

Auf der Homepage der Insel ist nur die Rede von Superior Rooms und Waterbungalows.

9 Tage oder 9 effektive Nächte auf der Insel? Bei vielen Veranstaltern wird die erste Nacht (die, die man im Flugzeug verbringt auf der Hinreise) auch als Urlaubstag angerechnet...

Vielleicht könntest du eure Entscheidungsgründe für o. g. Inseln näher legen, damit man versteht, warum sie in die engere Auswahl gekommen sind. Ich wäre auch jetzt bei keiner der Inseln Feuer und Flamme und hätte für mich andere Alternativen auf dem Schirm. März ist teuer und wahrscheinlich schon recht gut gebucht, vielleicht liegt eure eingeschränkte Auswahl daran?