Hallo Matze,
dass ihr keine organisierte Tour machen wollte, verstehe ich voll und ganz, ist auch ätzend mit nem ganzen Pulk die Schlucht zu durchwandern, aber das mit dem Mietwagen oben (Schluchteingang) stehen lassen, Schlucht durchwandern und am gleichen Tag wieder mit Nutzung der öffentlichen Verkehrsmittel (Schiff/Bus) abholen, klappt an einem Tag nicht wirklich 
Mein Tipp mit dem Mietwagen nach Chania (Busstation) fahren. Mietwagen dort parken. Mit dem ersten Bus von Chania nach Omalos. Dann seid ihr normalerweise rechtzeitig vor dem Ansturm der Reisebusse dort und könnt eure Wanderung beginnen. Unten gesund und munter wieder angekommen, weiter mit der Fähre nach Chora Sfakion, von dort aus weiter mit dem Bus nach Chania zu eurem Auto
oder wenn es ganz ohne Auto sein soll, mit dem ersten Bus von Geo nach Chania fahren, von dort weiter mit dem Bus oder Taxi zum Schluchteneingang… (Nachteil ihr seid später am Schluchteingang)
eine weitere Möglichkeit wäre 
mit dem Mietwagen zum Schluchteneingang, hinunter wandern und wieder zurück (hinauf) zum Auto, ist aber nur für Hartgesottene 
Grüße
demi