Ich weiß ja nicht wie viel Zeit ihr noch zur Verfügung habt ? Wenn es euch aber um Flora und Fauna geht ist der Grampians Park vielleicht noch ne Möglichkeit.Und zurück dann über die 12 Apostel gut machbar in 3 Tagen.

Kommt nur eine Gruppenreise in Frage ? Denn Japan ist sehr gut einfach alleine zu bereisen und je nach Tour eine Überlegung wert.

Wegen der unterschiedlichen Meinungen sind wir hin und wollten uns selbst ein Bild machen.Im Nachhinein sagen wir hätten wir es lieber gelassen.
Wir waren erst letzten Monat dort und die Menschenmassen haben uns überhaupt nicht gefallen und die Insel selbst fanden wir auch nicht so toll.

Du hast dir deine Fragen schon selbst beantwortet
In Stuttgart bei LH einchecken dort bekommst du die Bordkarten für beide Flüge
Online Check In ist genau das gleiche, gehst dann zum Schalter von LH und gibst dort dein Koffer ab

Auch wenn der Mietwagen bezahlt und ein Voucher vorhanden ist, ist es zwingend nötig das der Fahrer eine richtige KK vorweisen kann.
Alles andere sollte man mit der Prepaid KK bezahlen können.

Ich habe gerade aus nicht bestätigten Quellen erfahren, das am 6.6 weite Teile von Bangkok unter Wasser stehen sollen. Daher wird empfohlen offene Schuhe zu tragen, da die schneller trocknen. 

Eure Tour ist so wie ihr sie vor hab natürlich machbar, leider steht auf der Nordinsel nicht der Norden auf euer Liste. Wie @Domino schon schreibt Auckland kann man ruhig vernachlässigen und dafür vielleicht lieber über die Bay of Islands hoch zum Ninety Mile Beach und zurück auf der anderen Seite durch den Waipoua Kauri Forest.
Wenn ihr auf der 1 nach Wellington fahrt, sollte man bei Waikanae abbiegen auf die Akatarwa Rd, das ist eine schöne Panoramastraße.
Queenstown ist auch so eine Sache, man mag sie oder nicht bei uns war es das zweite, dehalb sind wir dort schnell wieder abgehauen.falls es bei euch auch so sein sollte könntet ihr noch bis Te Anau weiter fahren.
Wenn es machbar ist in Christchurch, noch die Summit Rd nach Akaroa fahren eine fantastische Straße.
Ein Stopp in Hong Kong lohnt immer,nur solltet ihr wegen den Stopp die NZ Tage einkürzen dann würde ich doch eher drauf verzichten.
Was die Reisezeit angeht ist der Februar mein Favorit, das Klima ist besser aber es sind noch Ferien in NZ.

Nicht zu vergessen sind die gut 6 Stunden Aufenthalt bis zum Weiterflug nach PPP.
Du bist doch nur 10 Tage auf Bali,wäre es da nicht besser und auch sinnvoller die dort zu verbringen.Bali hat genug zu bieten das eigentlich 10 Tage dafür schon zu kurz sind.
Darum mein Rat schau dir jetzt nur Bali an (kannst ja auch noch ein Abstecher nach Lombok machen) und die Whitsunday,Riff und vieles mehr machst du bei einer Australien Ostküsten Tour.

Und ich dachte ich denke mir schon bekloppte Sachen aus aber deine Idee Top das noch.
Klar machbar ist das,ich würde aber davon die Finger lassen.Ich habe nur mal kurz nach den Flugzeiten für das unternehmen geschaut und alleine die schrecken mich schon ab.Auch wenn du den Fug nach Prosperine weg lässt und nur nach Brisbane oder Cairns fliegst und von da aus weiter mit Auto oder Bus ist das einfach zu lang.
Wenn du es wirklich machen möchtest dann würde ich mich nur auf Cairns beschränken da kommst du Non stopp von Bali aus hin und es werden viele Touren zum Riff angeboten.
Was mich noch interessieren würde,wie lange bist du auf Bali?

Egal wie kurz der Stopp in der USA ist, sobald du deinen Fuß auf den Boden setzt brauchst du ein ESTA

Das kann man so pauschal nicht beantworten.
Die erste Frage die sich dabei stellt bekomme ich die Hotels und Flüge so wie ich mir das wünsche pauschal angeboten. Das andere ist der Preis, wenn ich weiß was ich möchte, kann ich die Preise vergleichen und mich dann entscheiden.
Der Stopp in Kuala Lumpur ist eine gute Sache,nur dran denken das es aktuell keine Non Stopp Flüge von Deutschland aus dort hin gibt. Dieser Umstand macht es etwas beschwerlicher daher würde ich wie @mkfpa schon vorgeschlagen hat den Stopp eher in Singapur machen.

Four Seasons Langkawi Tanjung Ruh Resort Langkawi Datai Langkawi Pangkor Laut Resort Rasa Syang Penang Japamala Tioman das sind alles schöne Hotels die deine Wünsche erfüllen könnten.
Wie du schon selbst sagst,bei der Einreise ist nur wichtig das der Pass lange genug gültig ist.

Bevor du die Tour machst erkundige dich ob die Fälle noch Wasser haben,es ist geplant sie trocken zu legen um 2 Brücken zu reparieren. Es wurde gemunkelt das es vielleicht dieses Jahr passieren soll.Wobei die Fälle mal ohne Wasser zu sehen ist bestimmt auch interessant.  
Um so eine Tour zu buchen schau mal hier nach.

Wirst du machen können, nur musst du je nach gebuchten Tarif einen entsprechende Gebühr dafür bezahlen.

Wenn sich bei uns so ein langer Zwischenstopp nicht vermeiden lässt und sich eine Fahrt in die Stadt aus welchen Gründen auch immer nicht lohnt,nehmen wir uns ein Hotel für die Zeit. Im Hotelzimmer ist es wesentlich gemütlicher wie am Flughafen.

Ob es sich lohnt ist ist so ne sache du brauchst gut 1 Stunde in die Stadt und nach Abzug hin,zurück,Zoll rein raus bleiben 2-3 Stunden übrig.
In der Gegend vom Flughafen gibt es auch die Möglichkeit ein Stadtbummel zu machen dort ist man mit den Taxi Ruck zuck da. Wenn ihr gegen abend dort seid könnte man die nachtmärkte dort besuchen.

Du kannst den Flughafen verlassen

Von der Zeit her sollte es machbar sein,nur ob es sich lohnt das ist was anderes.Ein weiterer Punkt der zu beachten ist, wie ist das Wetter zu den Zeitpunkt. Wir hatten bis jetzt meistens sehr diesiges Wetter das es von der Sicht her nicht gelohnt hätte nach oben zu fahren.
Taxi kostet ca. 1200 TWD kannst aber auch mit dem Zug fahren wobei ich das Taxi nehmen würde.

Der Bildschirm ist auch in der Lehne

Angst die beiden Länder zu bereisen brauchst du keine haben.Ich würde Vietnam als etwas sicherer einstufen und wenn du dich ängstigst solltes du Manila vielleicht außen vor lassen.
AI Wir wird in beiden Ländern so gut wie nicht angeboten und ist auch nicht notwendig da man dort gut und günstig essen kann.
Die schöneren Strände gibt es auf den Philippinen dafür finde ich hat Vietnam die besseren Sehenswürdigkeiten, Um die Sehenswürdigkeiten zu sehen ist es ratsam in beiden Ländern eine Rundreise zu machen