Hallo Julia,
zu allererst: Eine Kombination macht mMn nur begrenzt Sinn. Das sind ja komplett unterschiedliche Ziele in komplett unterschiedlichen Ecken der Erde... Würde ich nicht machen.
Ich war zwar - abgesehen von Kuala Lumpur - noch nicht in Malaysia, aber ich würde behaupten bei euren Interessen passt Malaysia besser als die Seychellen. Tempel, Städte... die Seychellen haben mit Victoria zwar ein kleines Städtchen, wo auch ein kleiner hinduistischer Tempel steht, aber überragend interessant ist das eher nicht. Und natürlich kein Vergleich mit Malaysia (oder anderen asiatischen Ländern).
Traumstrände hats auf den Seychellen natürlich unzählige. Diesbezüglich wärt ihr da definitiv richtig. Bzgl hochwertiger Ressorts kann ich dir nichts sagen, da diese - unabhängig vom Reiseziel - eher nicht zur Übernachtungsart gehören. Aber auch Malaysia hat, soweit ich das beurteilen kann, tolle Strände. Vor allem die Inseln an der Ostküste oder (wenn es auch etwas hochpreisiger, dafür aber scheinbar auch richtig traumhaft und toll zum Schnorcheln / Tauchen sein darf) vor Borneo sollen sehr schön sein. Würde meines Wissens auch zum Wetter passen.
Schnorcheln und Bootsausflüge sollte in beiden Zielen gut möglich sein. Uns hat das Schnorcheln auf den Seychellen gut gefallen, auch wenn es vllt nicht mit z.B. den Malediven mithalten kann. Ob es in Malaysia besser oder schlechter ist, kann ich nicht beurteilen. Ich weiß aber, dass z.B. vor Borneo eines der besten Tauchreviere der Welt sein soll (vor allem Sipadan).
Die Natur auf den Seychellen ist sehr schön. Man kann schöne Wanderungen unternehmen und sich durch den Dschungel von Bucht zu Bucht "durchschlagen". Das ist aber natürlich nicht so wild und tierreich wie in den Regenwäldern Malaysias / Borneos.
Fazit: Die Seychellen sind toll. Allgemein ist die Atmopshäre sehr entspannt und Massentourismus findet man dort (zum Glück) nicht. Wenn der Fokus auf romantischen Tagen an tollen Stränden, Entspannung und etwas Schnorcheln liegen und nur zwischendurch zur Abwechslung ein bissl gewandert werden soll, dann ist das definitiv ein tolles Ziel für die Flitterwochen.
Wenn ihr aber wirklich Kultur und Städte erleben und tiefen Regenwald (inkl. Tiere) entdecken und trotzdem nicht auf schöne Strände verzichten wollt, dann seid ihr mMn mit Malaysia besser dran. Wenn ihr wirklich 4 oder gar 5 Wochen Zeit habt und das auch ausreizen wollt, würde ich persönlich definitiv nach Malaysia reisen. Das ist insgesamt sicherlich deutlich abwechslungsreicher.
P.S.: Alternativ ist ja generell auch Indonesien im Sommer wettertechnisch gut zu bereisen (natürlich mit regionalen Unterschieden, Indonesien ist riesig). Bali ist ja nur ein Bruchteil. Sumatra, Java, Sulawesi, Flores, Papua... um nur mal die großen Inseln zu nennen.
Gruß