Hallo Sven,
zu Deiner Frage zu Ausflügen kann ich dir nicht direkt weiterhelfen, du findest aber zu jedem Hafen über die Suchfunktion (oben rechts) hier bei Holidaycheck jede Menge super Infos. einfach mal durchwühlen.
An die Essenszeiten im Restaurant bist du im Allgemeinen schon gebunden - zum 2. Durchgang "gehört" euer Platz mit Sicherheit jemand anderem. Ist aber weiter kein Problem- im Buffetrestaurant kannst Du jederzeit essen. Die Atmosphäre ist zwar nicht mit dem Restaurant zu vergleichen, aber mit einem Kleinkind vielleicht sogar angenehmer. Hier hilft nur ausprobieren.
Ich kenne die Sinfonia noch nicht, auf anderen MSC-Schiffen konnten die Koffer problemlos unter den Bestten verstaut werden, auch für den Buggy wird da Platz sein.
Ich würde mir darum keinen Kopf machen - zum Tanzen wirds zwar eng werden, aber ganz so beengt ist es dann doch nicht 
Offiziell ist das Mitbringen von Getränken nicht erlaubt, bisher hat aber nie jemand etwas dagegen gehabt. Lediglich alkoholische Geträge werden bis zum Auschecken einkassiert.
Zum Ein- und Auschecken : Das ist durchaus unterschiedlich in dern verschiedenen Häfen. Wie das in Warnemünde aussieht sollte auf euren Reisepapieren stehen. In Genua wird es vmtl. so sein dass das Ausschiffen etwa 1 Stunde nach dem Anlegen beginnt. Bisher war das immer gut organisiert, so dass wir nie lange warten mussten. Du kannst davon ausgehen dass Ihr am späten Vormittag von Bord seid.
Genua ist auf jeden Fall einen Zwischenstop wert - auch hier die Empfehlung : Suchfunktion nutzen. Ich würde das davon abhängig machen wie pflegeleich euer Filius ist. Immerhin ist die Bahnfahrt für Kinder ja auch nicht ganz einfach. Flüge ab Genau kann man meiner MEinung nach vergessen - allenfalls ab Mailand wäre denkbar.
Mal bei MSC nachfragen - die bieten Flüge nach Deutschland an und organisieren auch die Fahrt nach Mailand (oder ggf auch Nizza!?!?!).
Ansonsten gibts den Leihwagen - wird aber vmtl. zu teuer sein (Sprit - Autobahngebühren (Italien,Schweiz)). Vielleicht (hängt auch vom Filius ab) ist auch die Busrückreise (ebenfalls über MSC buchbar) eine Alternative.
Du siehst - für ein Kleinkind ist das schon eine ordentlich Strapaze.
Trotzdem : geniesst die Kreuzfahrt!
Viele Grüße
Kalli