Hallo Markus!
Ich habe Dein Schreiben leider überlesen … Du betrittst mit der Einreise via Emirates in Jakarta das indonesiche Staatsgebiet und musst dort auch durch die Immigration (Visum/Zoll). Weiterflug erfolgt über Garuda und beim Wechseln der airline und erneutem Einchecken bei Garuda muss man sich um Koffer/Gepäck selbst kümmern. Es sei denn, dass Emirates mit Garuda eine Vereinbarung über Codesharing hat, aber das solltest Du besser bei den airlines nachfragen bzw in dem „Reisebüro“, wo Du die Flüge gebucht hast.