Hallo Soluna!
Wir waren im Juli dieses Jahres auf Naxos und Santorini. Gebucht haben wir unsere Hotels, Flug und Fähren auch getrennt und sind damit ganz gut gefahren.
Wie Bibs schon richtig erwähnte, werden bei Pauschalreisen die Gäste üblicherweise schon einen Tag vor Abreise nach Santorini oder Mykonos gebracht um sicherzustellen dass auch alle ihren Rückflug bekommen.
Während unseres Aufenthaltes auf Naxos haben wir schon mal mitbekommen dass die ein oder andere Fähre teils massive Verspätungen hatte, da der berüchtigte Meltemi (Nordwind) zugeschlagen hatte. Deshalb würde ich Dir dringend empfehlen bereits 1-2 Tage vor Rückreise nach Santorini zurückzufahren. Die Insel ist für ein paar Tage durchaus sehenswert.
Es gibt aber auch noch die Möglichkeit mit der Lufthansa nach Athen zu fliegen und von dort aus weiter mit Olympic nach Naxos. Meines Wissens nach bietet Olympic einmal täglich die Verbindung Athen-Naxos an. Preislich kann das unter Umständen auch ganz ok sein. Bei LH kann man z.B. schon jetzt Flüge für den nächsten Sommer nach Athen (hin und rück) für 265,- Euro incl. St./Geb. buchen. Die Strecke Athen - Naxos wird bei Olympic auch nicht allzu viel kosten, so dass diese Möglichkeit durchaus eine Alternative wäre.
Gruss Dirk