Ich glaube mal jeder der in Panama war hat auch den Kanal besucht
Über die Touren kannst du dich hier , hier und auch hier informieren und da auch noch klick

Ich würde an eurer Stelle das Hotel schon vorab buchen,so spart ihr euch die Suche was doch wesentlich entspannter ist.Persönlich würde ich mir ein günstiges Hotel nehmen,da ihr erst am späten Nachmittag ankommt und bestimmt morgens die erste Fähre nehmen wollt habt ihr ja nicht viel von den Hotel.Wenn es etwas einfaches sein kann wie währe es mit den Days Inn Cebu Airport liegt in Flughafen nähe und bietet auch einen kostenlosen Flughafenshuttle.

@bernhard707
Ich habe nur mal irgendwann gelesen das es jetzt einen neuen Namen hat "Vivanta by Taj"
Ob es unter ein neues Management steht kann ich nicht sagen.

Die Auswahl an Restaurants ist dort nicht sooo groß,doch gibt es das ein oder andere Lokal wo man gut und günstig Essen kann.Es ist nicht mit Sanur oder Puerto Plata zu vergleichen dort hattet ihr viel mehr Auswahl Möglichkeiten.

Wenn du von gehobenen Standard schreibst gehe ich mal von mindestens 4* aus,dann sieht es mit deine 100 € schlecht aus den der Großteil der Hotels sprengt da schon dein Budget.
Die Südsee ist kein Schnäpchen reiseland

Da ihr ja schon öfter in Thailand unterwegs gewesen seid,sollte ihr auch keine Probleme auf den Philippinen mit den rum reisen haben.
Ich habe auch schon hier in D von einen Unternehmen gehört was mit den Abfahrzeiten nicht so ganz zuverlässig sein soll

Tickets von Dumanguete nach Siquijor kannst du hier online buchen,wenn es denn funktioniert.Aber wie schokohoernchen schon schreibt,ein Ticket kurz vor der Abfahrt zu kaufen sollte kein Problem sein.

Von der Landung bis zum Pier in 1 Stunde das wird eng,ich würde da lieber erst am anderen Tag weiter fahren.
Wenn die Flüge noch nicht gebucht sind hättet ihr auch noch eine andere Möglichkeit dort hin zu kommen
Von Singapur nach Manila Fliegen und von da weiter nach Tagbilaran dann sind es nur noch ein paar Minuten mit dem Taxi nach Panglao.

Bei Reihe 1-5 fallen zum Glück die 40$ für Lounge weg

Es ist zwar auch schon ein paar Tage her als ich dort war,aber für ein Badeaufenthalt kann ich Isla Contadora empfehlen.Das ist eine kleine nette Insel die schnell und einfach mit dem Flieger zu erreichen ist.

Da kann ich 3Nicki nur zustimmen
Schöner Strand ist für mich auch was anderes,aber das ist ja Geschmacksache wie so vieles

Die Strassen auf Phu Quoc sind mir bekannt und auch die Schotterpisten,aber wo es noch nicht mal eine Schottepiste gibt lässt es sich sehr schlecht mit einen Roller fahren
Am besten du nimmst dir ein gutes Buch mit den ausser in der Sonne liegen Schnorcheln/Tauchen oder mal etwas im Dschungel rum laufen kannst du dort nicht machen.

Der schnellste Weg ist ein Non Stop Flug,denn gibt es aber leider nicht von DUS oder FRA 1 mal umsteigen musst du auf jeden fall.
Mit eine von den schnellsten Verbindungen hat SQ hin 15:50 STd zurück 16:55 Std

Du hast doch nach einen Stopp gefragt und wenn du 2-3 Tage Stopp einlegst bleibt doch genug Zeit für Bali.Ist ja auch nur eine Anregung 

Ich würde ein Flug über Hong Kong oder Singapur nehmen und in einer der Städte einen Stopp machen.Je nach Stadt ergibt sich dann auch die Airline CX oder SQ.
Beste Reisezeit würde ich von April - November nennen.

Mit Bali Kuta/Legian kann ich Thaiwolle zustimmen,nur bei Vang Vieng würde ich sagen die Zeit der Partys ist dort vorbei klick.

Zu den Hotels kannst du hier oder hier alles nachlesen
Mit dem Roller die Inselen zu erkunden kannst du mal etwas vernachlässigen,denn auf den Inseln gibt es nicht viele Strassen also kein Vergleich mit Phu Quoc oder Koh Chang.
Schau dir mal die Inseln bei Maps an dann kannst du die Strassen gut sehen.
Und allgemeine Tipps sind leider zu algemein um sie zu beantworten zu können

@Golf4U
Warum soll das gipsy beunruhigen,nur weil uns mal was passiert ist.
Wenn man so eine Antwort nicht hören möchte darf man solche Fragen nicht stellen.
Und wie schon gesagt ich war wieder da und würde immer wieder hin fahren.

Was soll den so mörder mässig gefährlich sein
Waren den alle die dich vor dieser Reise warnen schoneinmal dort
Lass dich nicht verrückt machen,sondern freu dich auf einen schönen Urlaub.
Ich bin zwar auch schon mal dort überfallen worden,aber gut das kann mir doch überall passieren.Das hat mich aber auch nicht davon abgehalten dort wieder hin zu fahren und was soll ich sagen es ist nie wieder was passiert.

Nicht das ich dich dazu überreden möchte aber mir währen die 19 Tage dort zu lang.
Ich würde an deiner Stelle noch über die 2te Insel nachdenken.
Das Schnorcheln ist dort genauso gut/schlecht wie auf Tioman