Wirklich schlechte Hotels habe ich auf Naxos noch nicht gesehen.
Das Galaxy und Alkyoni sind "alteingesessene" Hotels mit denen Du sicherlich nichts falsch machst. Die sind auch vom Preis/Leistungsverhältnis her ordentlich und haben m.M.n eine super Lage.
Leicht Abseits, aber trotzdem nur 3-5 Gehminuten zum Stadt-Strand, 5-8 Gehminuten bis zur Chora, 5 Gehminuten zur Bushaltestelle (z.B. zum Plakastrand) und ebenfalls 5 Gehminuten zum großen Supermarkt.
Das Nissaki ist wortwörtlich 20 Meter vom Strand entfernt, aber etwas teurer.
Wenn Ihr Santorini und Naxos pauschal als Kombi buchen möchtet, könnte es eventuell (!) teurer werden, als wenn Ihr Euch früh genug um Flüge kümmert und die Unterkünfte privat bucht.
Beim individuellen Buchen, habt Ihr auch Zugriff auf die kleineren/güntigeren unterkünfte, die oftmals völlig ausreichen.
Das ist natürlich reine Geschmackssache 
Wenn Ihr ein Kleinwenig Unternehmenslustig seid und den langen Plakastrand nicht mehr sehen könnt, könnt Ihr sehr gut Ausflüge auf die Nachbarinseln Mykonos und Paros machen, die sich wirklich lohnen besucht zu werden.
Ab auf die Fähre, rüber fahren (ca. 1,5h) und gegen Spätnachmittag wieder zurück.
Den Abend dann in einer schönen Taverne mit einem guten Gläschen Wein ausklingen lassen und schon habt ihr den perfekten Tag 
Auf Santorini, würde ich zwischen Oia, Fira oder Firostefani (ist ja eigentlich Fira) wählen.
Eigentlich ist es egal wohin, wobei Oia eher mehr "Bilderbuchort" ist als Fira. Es gibt dort (vor allem weiter unten)
deutlich mehr bunte Häuser, als in Fira.
