Hallo,
so richtig unterschiedlich sind die Routen ja nicht. Eher ist wohl der Unterschied darin zu sehen, wo Du Dich wie lange aufhälst.
Ich würde die Tatsache, dass Du nach dem Labour Day WE unterwegs bist und keinerlei Schwierigkeiten haben wirst, Platz zu finden, dazu nutzen, diese Entscheidung vor Ort zu treffen und immer da zu bleiben, wo es gefällt.
Generell wäre mir das zu viel Strecke in 3 Wochen + aber da ist ja jeder anders.
Den Cabot Trail abzufahren, das schafft man an einem Tag. Wenn man aber ein wenig wandern möchte, in den Red Shoe Pub möchte, einfach die Gegend aufnehmen möchte, würde ich immer 3 Nächte als absolutes Minimum ansehen. Bei unserem letzten (aber nicht ersten) Besuch waren wir 7 Nächte dort und das hat uns nicht gereicht. Das ist das Problem, wenn man nichts vorbucht, dann gehen einem am Ende fast immer die Tage aus. 
Die Gaspé ist eine Perle. Die schönsten Strecken sind eng, kurvig und erlauben keine hohe Geschwindigkeit. Wenn Du also z.B. nach Percé möchtest und dann der Küste bis Trois Pistoles folgen willst, rechne reichlich Zeit ein.
In beiden Routen würde mir die sehenswerte Bay of Fundy und der Fundy NP fehlen. Auch den Algonquin im Indian Summer aus zu lassen, würde mir nicht gefallen. Wenn es generell um die Blätterfärbung im Indian Summer geht, wäre der Kouchibuguac am ehesten auslassbar. Cape Breton (wohl noch etwas früh), Gaspé, Saguenay, Mauricie, Algonquin wären da wahrscheinlich ergiebiger.
Wenn NPs schließen, heißt das, das man keinen Eintritt mehr bezahlt (uninteressant in diesem Jahr) und die Infos sind (je nach Größe des NPs) nicht mehr besetzt. Ob Campingplätze offen sind, ist pauschal nicht zu beantworten. Einfache mit Selbstregistrierung sollten kein Problem sein.
Dass Du nach Montreal mit einem Womo nicht hinein darfst, ist Dir bekannt und daher ist das nur Teil der Durchfahrtsstrecke, nehme ich an.
Gruß,
karlkraus