Hallo Iloveholidays,
ob Du über Athen oder Santorini bzw. Mykonos anreist, ist es ein reines Rechenexempel, wenn Du nicht sowieso Athen besichtigen möchtest. Von daher würde ich warten, bis Germanwings, Tuifly usw. die Flugpläne für Sommer 2013 freigeschaltet haben...
Zudem dauert die Überfahrt von Piraeus auf die Kykladen auch - je nach Insel - ca. 5,5 Std. - das verlängert die Anreise natürlich zusätzlich und da sollte man sich fragen, ob einem das recht ist...
Wir sind dieses Jahr z. B. über Athen geflogen, weil wir die Stadt eh kennenlernen wollten und die Flüge super günstig waren (220,50 € für 2 Personen). Außerdem ist man bei einer Anreise über Athen natürlich etwas flexibler, weil Athen täglich angeflogen wird, die Mykonos o. Santorini hingegen nur einmal wöchentlich. So sind wir auf 22 wunderbare Reisetage gekommen... 
Da wir die Flüge schon fest gebucht hatten, konnte ich die Hotels auch schon früh buchen (die meisten hatte ich per E-Mail angefragt, und das war dann günstiger als wenn wir über HC gebucht hätten).
Das Hotel Svoronos ist wirklich schön und die Inhaberfamilie super nett; die anderen Hotels kenne ich leider nicht.
Die Tickets hatte ich über aferry.com gebucht - war auch problemlos, nur dass man dann eben keine Tickets erhält, sondern nur einen Voucher per E-Mail, und man dieses am Hafen gegen die Tickets eintauschen muss. Ich meine, dass das Reisebüro aus Stuttgart die Tickets verschickt, sodass man sich den Gang zum Hafenbüro sparen kann...
Für die Fährtickets haben wir zu zweit etwas über 200 € bezahlt, wobei natürlich die Fähren Piraeus - Mykonos und Naxos - Piraeus am teuersten waren sowie auch die Schnellfähre von Mykonos nach Paros mit ca. 55 €.
Und ja, die Fährpläne kommen erst relativ spät raus; vor März/April 2013 wird das wohl nichts...
Wir hatten ja nur "Standard"-Inseln auf unserem Programm (Mykonos, Paros, Naxos), sodass wir davon ausgegangen sind, dass die Fähren schon jeden Tag fahren werden... Hat auch geklappt; weiß aber nicht, ob die tatsächlich jeden Tag fahren... 
Grüße,
Malini