Auf dem Weg von Arequipa an der Küste sind die Ballestas-Inseln und Paracas sowie die Oase von Huacachina sehr sehens/erlebenswert.
Die Akklimation an die ggf. eintretende Höhenkrankheit solltet ihr auf jeden Fall bedenken. Von Cuzco bietet es sich z.B. an ins Heilige Tal zu fahren. Das ist deutlich tiefer und als Tagesausflug hilft das dem Körper sehr.
Den Inkatrail gibt es auch als 2-Tagestour ab Zug-km104. Der Weg ist nicht überlaufen. Übernachtung wäre in Winay Wayna (3500m) wie alle anderen Trailer. Konditionell sollte man fit sein, da weite Teile in der Sonne verlaufen und es nur bergauf geht.
Den Titicacasee fand ich sehr beeindruckend. Wir waren auf der Halbinsel Llachon. Einfach, aber mittendrin im peruanischen Leben. Ab Puno buchbar. Sehr empfehlenswert wenn ihr mal abseits vom Massentourismus sein wollt.
Bei den Uros gebe ich @fio recht. Sehr touristisch. Auf den anderen Inseln waren wir gar nicht, weil die Halbinsel so ursprünglich schön war. Ein bisschen wandern konnte man auch - aber immer schön langsam, wegen der Höhe.
Zeitlich brauchst Du für (Cuzco 5-7Tage, Fahrt Titicaca 1 Tag, Titicaca 2Tage, Fahrt Arequipa 1 Tag, Arequipa zum Colca und vor Ort - 4-5 Tage, Arequipa nach Lima (inkl. Nazca, Huacachina, Ballestas, Paracas ca. 4-6Tage. Hängt natürlich maßgeblich von den Vor-Ort-Aktivitäten ab, sprich wieviel Zeit Du Dir für was nehmen willst.